The Science Topic

Roamer · Post by **Roamer** » Mon Oct 17, 2011 8:46 pm

<pedantic mode on>
Абе всъщност не е прав... ама не можаха и тоя път да го докажат, това е всичко

dellusion · Post by **dellusion** » Tue Oct 18, 2011 2:10 pm

Какво те кара да мислиш така?

The Dragon · Post by **The Dragon** » Tue Oct 18, 2011 4:05 pm

Гравитацията. Както обикновенно.

dellusion · Post by **dellusion** » Tue Oct 18, 2011 4:23 pm

Einstein Theories Confirmed by NASA Gravity Probe

The Dragon · Post by **The Dragon** » Tue Oct 18, 2011 6:14 pm

dellusion wrote:Einstein Theories Confirmed by NASA Gravity Probe

И разбира ти имаш веднага обяснение защо гравитацията отсъства на микрониво което е значително по интересния проблем.

dellusion · Post by **dellusion** » Tue Oct 18, 2011 6:25 pm

Нямам. Все пак доста явления от Нютоновата физика ги хваща липсата на субатомно ниво. Айнщайн определено не е измислил теорията на всичко, ние за това ли спорим?

The Dragon · Post by **The Dragon** » Tue Oct 18, 2011 7:05 pm

dellusion wrote:Нямам. Все пак доста явления от Нютоновата физика ги хваща липсата на субатомно ниво. Айнщайн определено не е измислил теорията на всичко, ние за това ли спорим?

Не че съм на мястото на Роум, но с той май се опитваше да каже, че ако 3+2=5 и 12-7=5 и ние използваме първото уравнение за да постигнем резултата, това не значи че е правилно

Roamer · Post by **Roamer** » Sat Nov 19, 2011 4:02 am

Мдаааааа... и сега какво?

Wired: "How many neutrinos does it take to screw up Einstein?
arXiv.org: "Measurement of the neutrino velocity with the OPERA detector in the CNGS beam"

Направили са втори експеримент, отхвърлили са поне една от възможните причини за грешки... и са получили същия резултат. Ще видим в близките дни какво ще стане.

Amelia · Post by **Amelia** » Tue Nov 22, 2011 3:27 am

Пускам истинска QM/MM сметка за пръв път в живота си. Тук QM/MM означава quantum mechanics/molecular mechanics, което ще рече, че си описвам част от системата с апарата на квантовата механика, а останалата част - с класическа физика. Това е често използван метод при сметки на големи биологични молекули като тия медни ензими, които боря. Досега съм се бъзикала само с QM сметки на модели на активните им центрове, ама сега решихме с шефа да включим и останалата част от протеина в картинката.

И хоп, системата ми нарасна от 80 на 30000 атома.

ЗОМФГ!

Това с чукурнайсет хиляди водни молекули в гюлмето, щото съм сложила нещото в сферична кутия с вода.

Бах маа му. В културен шок съм. Квантовите химици рядко си имат вземане-даване с такива големи системища.

Забавлявам се с приготвянето на оперативните си файлове от миналия вторник. Научих много нови неща. Припомних си от добрата стара биология още повече неща. Обичам това, което правя. Мисля за постдок да ида в някоя група, която се занимава с молекулна динамика, понеже това е най-близката до биологията теоретична химия, която съществува в момента. Пичовете с молекулната динамика работят с още по-гигантейши модели - някои амбициозни лица смятат цели части от клетки...

Утре ще пусна моя мастодонт да го претакат клъстерите. Дано се сметне преди да дойде 22ри век.

Marfa · Post by **Marfa** » Tue Nov 22, 2011 9:44 am

Звучи вълнуващо, ама пък ако можех и да го разбера, цена нямаше да има!

Morwen · Post by **Morwen** » Tue Nov 22, 2011 10:04 am

И аз разбирам само общите неща, но пък не ми пречи да съм възхитена

Claymore · Post by **Claymore** » Tue Nov 22, 2011 10:18 am

Amelia wrote:
Пускам истинска QM/MM сметка за пръв път в живота си. Тук QM/MM означава quantum mechanics/molecular mechanics, което ще рече, че си описвам част от системата с апарата на квантовата механика, а останалата част - с класическа физика. Това е често използван метод при сметки на големи биологични молекули като тия медни ензими, които боря. Досега съм се бъзикала само с QM сметки на модели на активните им центрове, ама сега решихме с шефа да включим и останалата част от протеина в картинката.

И хоп, системата ми нарасна от 80 на 30000 атома.

ЗОМФГ!

Това с чукурнайсет хиляди водни молекули в гюлмето, щото съм сложила нещото в сферична кутия с вода.

Бах маа му. В културен шок съм. Квантовите химици рядко си имат вземане-даване с такива големи системища.

Забавлявам се с приготвянето на оперативните си файлове от миналия вторник. Научих много нови неща. Припомних си от добрата стара биология още повече неща. Обичам това, което правя. Мисля за постдок да ида в някоя група, която се занимава с молекулна динамика, понеже това е най-близката до биологията теоретична химия, която съществува в момента. Пичовете с молекулната динамика работят с още по-гигантейши модели - някои амбициозни лица смятат цели части от клетки...

Утре ще пусна моя мастодонт да го претакат клъстерите. Дано се сметне преди да дойде 22ри век.

с квантовата физика сме малко скарани, но все пак уча биология, та да питам: какви са тия медни ензими? И какво е практическото приложение на тоя метод? И могат ли тия от биологичният отдел да сметнат рибозомите като строеж?

thunder · Post by **thunder** » Tue Nov 22, 2011 11:07 am

Медта е съставка на много ензими, така че предполагам ги наричат медни ензими

другото нинам - с биологията и химията се разделихме преди 10-на години

Amelia · Post by **Amelia** » Tue Nov 22, 2011 8:02 pm

Ще напиша един пост за медните ензими тука за заинтригуваните, ама ще е по-късно, че сега съм заета.

Специално за Клеймора слагам едно филмче от молекулно динамична симулация на влизането на tRNA в рибозома:
http://www.dnatube.com/video/1228/tRNA- ... Simulation

Amelia · Post by **Amelia** » Wed Nov 23, 2011 5:00 am

Ето няколко приказки за медните ензими. Те са доста широко разпространени. Намират се най-вече в аеробните организми, щото теорията е, че медта е станала възможна за усвояване, когато се е появил кислород в атмосферата. Иначе си е седяла като меден сулфид утаена някъде си там.

Медните активни центрове в тия протеини имат две основни функции - пренос на електрони вътре в протеина или между различни протеини и разни окислително-редукционни реакции. Сред тия дето пренасят електрони си заслужава да спомена пластоцианина, който свързва фотосистеми 1 и 2 по време на фотосинтезните процеси. Тези, които се занимават с окси-редукция се наричат оксидо-редуктази или оксигенази и се забъзикват с молекулния кислород и разни азотни окиси. Към оксигеназите спада например ензимът тирозиназа, с който разполагаме и ние - отговорен е за синтеза на меланин (при нас). Кислорода или го редуцират до вода, или го свързват в разни продукти. Ензими като супероксидната дисмутаза пък разлагат супероксидните йони до пероксид и кислород, като с това пазят тъканите от разни вредни радикали. Могат и да окисляват разни неща, до разни други неща. Примерно аскорбат оксидазата окислява аскорбиновата киселина (ама не е много ясно що). A церулоплазмина окислява желязо (II) до желязо (III) и е безкрайно важен за човешкия метаболизъм, понеже при нас има един бюлюк есенциални протеини на базата на желязото.

Част от тези ензими участват в цикъла на азота в природата - редуцират различни азотни оксиди (и носят вдъхновени имена като nitric oxide reductase, nitrous oxide reductase, etc.). Та азот и кислород - сигурно вече ви става ясно колко значителни са от биологична гледна точка. Примерно денитрифициращите бактерии, които превръщат почвените нитрати в разни азотни оксиди и така връщат азота в атмосферата, го правят в голяма степен посредством разни медни протеини. А ние, аеробните еукариоти, ДИШАМЕ благодарение на тях. Медни и железни атоми се съдържат в активните центрове на цитохромите. Ензими от това семейство са въвлечени в редукцията на молекулен кислород, която е съчетана със синтез на АТФ в аеробни условия. В анаеробни условия (у разни прокариоти) АТФ се синтезира често с помощта на мед-съдържащи ензими (само че там се редуцират азотни оксиди).

Има и медни ензими (хемоцианин тва), които се свързват обратимо с кислорода и го разнасят насам-натам подобно на хемоглобина. Намират се в кръвта на разни морски твари - миди, раци... Когато кислородът се свърже с медния център, цветът се променя от безцветен в син. Синя кръв, нали. В случай, че някога аристократите са ви навявали асоциации с някви морски мекотели, да знаете що.

Ензимите, които разучавам сега са от типа лакази - редуцират кислорода до вода и междувременно спомагат за синтеза на нещо. Конкретният ензим, с който си направих големия файл е от някво японско дърво. Иначе подобни има и в други растения, както и в някои гъби и микроорганизми. Участват в образуването и разграждането на лигнина и разни фенолни продукти. Предполага се също, че са въвлечени в защитни процеси при нараняване на дървото.

Ей тва измислих на прима виста. Не съм ви казала нищо за устройството на активните центрове - там са най-различни типове и патърни. Неслучайно съм си ги избрала тея протеини - има материал за изследване бая. Има и бая експериментални резултати, с които мога да си сравнявам моите теоретични.

The Science Topic

Who is online